Křen je bohatý na fytoncidy, ničí plísně, podporuje trávení, a to i při malých množstvích.
Má mnoho vitamínu C, dále obsahuje vitamín A, E, vitamíny skupiny B, draslík, síru, vápník, fosfor, hořčík, železo, sodík, měď, sacharidy, enzymy, asparagin a glutamin, organické kyseliny a menší množství flavonoidních látek.
Rozdrcením kořenového pletiva vznikají účinné prchavé antibiotické látky, které například výborně odhleňují průdušky. Křen zvyšuje vylučování trávicích enzymů, normalizuje střevní mikroflóru, zlepšuje látkovou výměnu a působí močopudně.
Celkově působí na organismus povzbudivě, pomáhá při chronických katarech a bronchitidách, pro zředění krve, na rozpouštění žlučníkových kamenů, při ubývání dásní, je vynikajícím prostředkem při rekonvalescenci. Odstraňuje pihy a skvrny na pokožce.
Jeho vnitřní použití je kontraindikováno u žaludečních a dvanácterníkových vředů, vyšší dávky vykazují vedle dráždivého účinku na trávicí ústrojí také nepříznivě dráždivé účinky na ledvinový parenchym.
Dlouhodobé užívání není vhodné.